#!/usr/bin/perl
@files= <*.xml>;
foreach $file (@files){
open my $in,  '<', "$file" or die $!;
open my $out, '>', 'newtext.xml' or die $!;
my $n = 0;
while(<$in> ){

s(<contrib-group>(.*?)</contrib-group>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<contrib\-group>#<p class=author>#g;	
	$inpuut=~s#<name><surname>(.*?)<\/surname><given\-names>(.*?)<\/given\-names><\/name>#$2 $1#g;
	$inpuut=~s#<xref ref-type="aff" rid="(.*?)">#<a class="cc" href="\#$1">#g;
	$inpuut=~s#</xref>#</a>#g;
	$inpuut=~s#</contrib><contrib contrib-type="author">#, #g;
	$inpuut=~s#</contrib>#</p>#g;
	$inpuut=~s#<aff id="(.*?)"><label>(.*?)</label>#<p class=authornotes id="$1">$2#g;
	$inpuut=~s#</aff>#</p>#g;
	$inpuut=~s#</contrib-group>##g;

"$inpuut"
}gcsei;

s#<title\-group><article\-title>#<body lang=EN-US link=blue vlink=purple style='tab-interval:.5in'><div id="article-level-0-front" class="fm"><p class=chap-title>#g;
s#<\/article\-title><\/title\-group>#</p>#g;
s#<email>(.*?)</email>#<a href="mailto:$1" class="cc" target="_blank">$1</a>#g;
s#<counts><page-count count="0"/></counts>##g;
s#</article-meta>##g;
s#<graphic xlink:href="tbl([0-9]+)"/>##g;
s#</sec>##g;

s(<abstract>(.*?)</abstract>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<abstract>#<p class="abs">#g;
	$inpuut=~s#<sec><title>#<span class=abshead>#g;
	$inpuut=~s#</title><p>#:</span> <span class="abspara">#g;
	$inpuut=~s#</p><p>#<br/>#g;
	$inpuut=~s#</p></sec></abstract>#</span></p>#g;
	$inpuut=~s#</p></abstract>#</span></p>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<kwd-group>(.*?)</kwd-group>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<kwd-group>#<p class="abs">#g;
	$inpuut=~s#<title>#<span class=abshead>#g;
	$inpuut=~s#</title><kwd>#:</span> <span class="abspara">#g;
	$inpuut=~s#</kwd><kwd>#, #g;
	$inpuut=~s#</kwd></kwd-group>#</span></p>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s#</front>#</div>#g;

s(<disp-quote>(.*?)</disp-quote>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<disp-quote>#</p><blockquote>#g;
	$inpuut=~s#<p>#<p class=blockquote>#g;
	$inpuut=~s#</disp-quote></p>#</blockquote>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<body>(.*?)</body>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<sec(.*?)><title>#<p class="sec-head1">#g;
	$inpuut=~s#</title>#</p>#g;
	
"$inpuut"
}gcsei;

s#<body>#<div id="article-level-0-body" class="body">#g;

s(<list list-type="bullet">(.*?)</list>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<p><list list-type="bullet">#<ul class="bullist">#g;
	$inpuut=~s#<list-item><p>#<li>#g;
	$inpuut=~s#</p></list-item>#</li>#g;
	$inpuut=~s#</list>#</ul>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<list list-type="disc">(.*?)</list>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<p><list list-type="disc">#<ul class="disc">#g;
	$inpuut=~s#<list-item><p>#<li>#g;
	$inpuut=~s#</p></list-item>#</li>#g;
	$inpuut=~s#</list>#</ul>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<list list-type="circle">(.*?)</list>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<p><list list-type="circle">#<ul class="circle">#g;
	$inpuut=~s#<list-item><p>#<li>#g;
	$inpuut=~s#</p></list-item>#</li>#g;
	$inpuut=~s#</list>#</ul>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<list list-type="square">(.*?)</list>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<p><list list-type="square">#<ul class="square">#g;
	$inpuut=~s#<list-item><p>#<li>#g;
	$inpuut=~s#</p></list-item>#</li>#g;
	$inpuut=~s#</list>#</ul>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<list list-type="order">(.*?)</list>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<p><list list-type="order">#<ol type="1">#g;
	$inpuut=~s#<list-item><p>#<li>#g;
	$inpuut=~s#</p></list-item>#</li>#g;
	$inpuut=~s#</list>#</ol>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<list list-type="alpha-lower">(.*?)</list>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<p><list list-type="alpha-lower">#<ol type="a">#g;
	$inpuut=~s#<list-item><p>#<li>#g;
	$inpuut=~s#</p></list-item>#</li>#g;
	$inpuut=~s#</list>#</ol>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<list list-type="roman-lower">(.*?)</list>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<p><list list-type="roman-lower">#<ol type="i">#g;
	$inpuut=~s#<list-item><p>#<li>#g;
	$inpuut=~s#</p></list-item>#</li>#g;
	$inpuut=~s#</list>#</ol>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s#<back>#<div id="article-level-0-back" class="bm">#g;
s#</back>#</div>#g;
s#<fn-group>#<p class="sec-head1">Notes</p>#g;
s#</fn-group>##g;

s(<fn(.*?)</fn>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<fn id="fn(.*?)">#<div id="fn$1" class="foot">#g;
	$inpuut=~s#<label>(.*?)</label><p>(.*?)</p>#<p class="foot"><span class="fn-label">&nbsp;$1</span> $2</p><p align="right" class="foot-cit-back"><a href="\#fn-fn$1"><img class="fnback" src="images/fnback.png"></a></p>#g;
	$inpuut=~s#</fn>#</div>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<ack>(.*?)</ack>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<ack><sec><title>#<p class=ack><span class="acktitle">#g;
	$inpuut=~s#</title><p>#</span>: #g;
	$inpuut=~s#</p></sec></ack>#</p>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s#<xref ref-type="fn" rid="fn(.*?)"><sup>(.*?)</sup></xref>#<span id="fn-fn$1" name="fn-fn$1" class="xref"><a class="cc" href="\#fn$1"><sup>$2</sup></a></span>#g;

s#<xref ref-type="bibr" rid="B(.*?)">(.*?)</xref>#<a onMouseOver="showTitle(this)" onClick="changeID(this.href,this.id)" id="bib-bib$1" class="cc" href="\#bib$1">$2</a>#g;

s#<xref ref-type="table" rid="T(.*?)">(.*?)</xref>#<span class="xref"><a href="\#tbl$1" class="cc">$2</a></span>#g;

s#<xref ref-type="fig" rid="F(.*?)">(.*?)</xref>#<span class="xref"><a href="\#fig$1" class="cc">$2</a></span>#g;

s#<ext-link ext-link-type="uri" xlink:href="(.*?)" xlink:type="simple">(.*?)</ext-link>#<a href="$1" class="cc" target="_blank">$2</a>#g;

s(<fig(.*?)</fig>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<fig id="F(.*?)" position="float" fig-type="figure">#<div class="floats" id="fig$1">#g;
	$inpuut=~s#<label>(.*?)</label><caption><title>(.*?)</title>#<div><p class=caption><span class=label>$1</span> $2</p></div>#g;
	$inpuut=~s#<p>#<div><p class="foot">#g;
	$inpuut=~s#</p>#</p></div>#g;
	$inpuut=~s#</p>#</p></div>#g;
	$inpuut=~s#<graphic xlink:href="(.*?)"/>#<img src="../images/$1.jpg" border="0"/>#g;
	$inpuut=~s#</caption>##g;
	$inpuut=~s#</fig>#</div>#g;
"$inpuut"
}gcsei;

s(<table-wrap(.*?)</table-wrap>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<table-wrap id="T(.*?)">#<div class="floats pop" id="tbl$1">#g;
	$inpuut=~s#<label>(.*?)</label><caption><p>(.*?)</p></caption>#<p class="caption tablecaption"><span id="tbl" class="label">$1</span> $2</p>#g;
	$inpuut=~s#<table frame="hsides" rules="groups">#<table rules="groups" frame="hsides" width="100%" class="bm">#g;
	$inpuut=~s#<table-wrap-foot>#<div class="tablefoot">#g;
	$inpuut=~s#<fn><p>#<p class="foot">#g;
	$inpuut=~s#</p></fn>#</p>#g;
	$inpuut=~s#</table-wrap-foot>#</div>#g;
	$inpuut=~s#</table-wrap>#</div>#g;
	$inpuut=~s#<graphic xlink:href="(.*?)"/>##g;
"$inpuut"
}gcsei;


s(<ref-list>(.*?)</ref-list>)
{
	$inpuut=$&;
	$inpuut=~s#<title>#<p class="sec-head1">#g;
	$inpuut=~s#</title>#</p><table width="100%" class="ref"><tbody>#g;
	$inpuut=~s#<ref id="B(.*?)">(.*?)#<tr><td align="right" id="bib$1"></td><td>$2<p align="right" class="foot-cit-back"><a id="ref-bib1-bib$1" href="\#bib-bib$1"><img class="fnback" src="images/fnback.png"></a></p></td></tr>#g;
	$inpuut=~s#<mixed-citation publication-type="(.*?)">##g;
	$inpuut=~s#<person-group person-group-type="(.*?)">##g;
	$inpuut=~s#<string-name>##g;
	$inpuut=~s#<surname>##g;
	$inpuut=~s#</surname>##g;
	$inpuut=~s#<given-names>##g;
	$inpuut=~s#</given-names>##g;
	$inpuut=~s#</string-name>##g;
	$inpuut=~s#</person-group>##g;
	$inpuut=~s#<year>##g;
	$inpuut=~s#</year>##g;
	$inpuut=~s#<article-title>##g;
	$inpuut=~s#</article-title>##g;
	$inpuut=~s#<source>##g;
	$inpuut=~s#</source>##g;
	$inpuut=~s#<volume>##g;
	$inpuut=~s#</volume>##g;
	$inpuut=~s#<fpage>##g;
	$inpuut=~s#</fpage>##g;
	$inpuut=~s#<lpage>##g;
	$inpuut=~s#</lpage>##g;
	$inpuut=~s#</mixed-citation>##g;
	$inpuut=~s#<publisher-name>##g;
	$inpuut=~s#</publisher-name>##g;
	$inpuut=~s#<publisher-loc>##g;
	$inpuut=~s#</publisher-loc>##g;
	$inpuut=~s#<collab>##g;
	$inpuut=~s#</collab>##g;
	$inpuut=~s#<comment>##g;
	$inpuut=~s#</comment>##g;
	$inpuut=~s#<ref-list>##g;
	$inpuut=~s#</ref-list>##g;

"$inpuut"
}gcsei;

s#<italic>#<i>#g;
s#</italic>#</i>#g;

$inpuut=~s#<p>#<p class=ras>#g;

s#<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>#<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns:css="http://macVmlSchemaUri" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">#g;

s#<!DOCTYPE(.*?)</article-categories>#<head><meta name=Title content=""><meta name=Keywords content=""><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=ProgId content=Word.Document><meta name=Generator content="Microsoft Word 2008"><meta name=Originator content="Microsoft Word 2008"><link rel=File-List href="article.css"><title></title></head>#g;
s#<pub-date(.*?)</pub-date>##g;
s#<volume></volume>##g;
s#<issue></issue>##g;
s#<fpage></fpage>##g;
s#<lpage></lpage>##g;
s#<history>(.*?)</history>##g;
s#<permissions>(.*?)</permissions>##g;
s#<self-uri xlink:title="(.*?)" xlink:href="(.*?)"/>##g;

s(<glossary>(.*?)</glossary>)
{
	$inpuut=$&;
s#<glossary>#<div class="glossary"><a name="glossaryref" id="glossaryref"></a>#g;
	$inpuut=~s#<title>#<p class="sec-head1">#g;
	$inpuut=~s#</title>#</p><table width="100%" class="gloss"><tbody>#g;
	$inpuut=~s#<def-item>#<tr>#g;
	$inpuut=~s#</def-item>#</tr>#g;
	$inpuut=~s#<term>#<td>#g;
	$inpuut=~s#</term>#</td>#g;
	$inpuut=~s#<def>#<td>#g;
	$inpuut=~s#</def>#</td>#g;
	$inpuut=~s#</glossary>#</tbody></table></div>#g;
	$inpuut=~s#<def-list>##g;
	$inpuut=~s#</def-list>##g;
"$inpuut"
}gcsei;



  print $out $_;

			
}
close ($in);
close ($out);
my $del = "$file";
unlink $del;
rename "newtext.xml", "$file";
 }


